東京都の樹である銀杏の葉を外側に三枚配し、三つの教校訓「健康・「勤勉」・「協力」を象徴すると共に、別所中学校が銀杏のように力強く、大きく育つ願いが込められています。

また、中心から外側に向かう三つの鋭角は、生徒・職員・家庭が一体となって、生徒が力強く未来へ歩んでいく期待を星の光として表しています。